新発田城は元々、鎌倉御家人佐々木加地氏の一族である新発田氏の居館があり、戦国期に新発田重家が上杉景勝と7年に渡る抗争の末に敗れ、天正15年（1587）落城。

慶長3年（1598）秀吉の命により、加賀大聖寺から溝口秀勝が6万石で入封し築城を開始。3代藩主、宣直の頃（1654）に完成するが、50年以上の歳月をかけて築いた城は、二十数年後の寛文8年（1668）の大火で焼失する。

平成16年に復元された三階櫓はT字型になった3つの入母屋屋根に3匹の鯱が乗った全国唯一のもの。

本丸の大部分と二の丸が自衛隊の敷地になっている。